Biogénesis

• Introducción

• Uso básico

  • Ejecución

  • Rendimiento

  • Desinstalación

• Uso del programa

  • Opciones principales

  • El mundo

  • Interaccionar con el mundo

  • Ventana de estadísticas

  • Panel de estado

  • Ventana de configuración de los parámetros

  • El laboratorio genético

• Metabolismo

  • Fotosíntesis

  • Materia orgánica

  • Respiración

• El código genético

  • Segmentos

  • Mutaciones

• Parámetros

• Créditos y licencia

• Descargas, errores y colaboraciones

Este programa imita los procesos evolutivos que se dan en las poblaciones de organismos unicelulares en la naturaleza. Se ha intentado crear un ejemplo de los procesos bacterianos elementales, simplificándolos enormemente y presentándolos de una forma muy visual y entendible. Aunque no es científicamente exacto, sí se pueden observar mecanismos habituales en la vida y evolución bacteriana y puede resultar interesante como aproximación didáctica a conceptos como mutación, evolución o fotosíntesis. También resulta un buen entretenimiento.

Los organismos que poblarán este mundo no son representaciones de organismos unicelulares naturales, sino que se ha utilizado una abstracción para poder ver más claramente su vida virtual. Estos organismos están formados por segmentos de distintos colores y longitudes. Los colores y longitudes de los segmentos de un organismo determinan sus propiedades, de forma que podemos saber qué puede hacer un organismo solo con observar-lo en el monitor. Por otro lado, la configuración de estos segmentos es una representación en el mundo de su código genético, que sus descendientes heredarán de forma idéntica, con la excepción de las mutaciones aleatorias que se pueden producir en cada generación.

Los organismos que obtengan mutaciones beneficiosas serán los que más éxito tendrán, desde el punto de vista reproductivo, y crearán una gran cantidad de descendientes que propagarán sus genes y su mutación hacia el futuro. En cambio, aquellos que sufran una mutación poco adecuada no tardarán en morir sin poder prolongar la vida de su especie más allá de su propia vida.

Ejecución

Para poder ejecutar este programa es necesario disponer de una máquina virtual de Java instalada en el ordenador. Esta versión solamente funcionará con una versión 6 o posterior, como la máquina oficial de Sun, que puede descargarse de http://java.com/es/. Una vez instalada la máquina virtual solo hace falta hacer doble clic en el fichero biogenesis.jar para ejecutarlo. No es necesario realizar ningún tipo de instalación del programa. Alternativamente, puede hacer clic con el botón derecho en el fichero y seleccionar Abrir con Java Runtime, o ejecutarlo desde la línea de comandos con la orden java -jar biogenesis.jar.

También es posible indicar un número después del nombre del fichero. Este número determina la secuencia de números aleatorios que se generar´n, de manera que se puede recrear varias veces el mismo escenario si se repite el mismo número. La llamada quedaría: java -jar biogenesis.jar 12345.

Vea la sección rendimiento para saber como mejorar el rendimiento del programa para su ordenador.

Rendimiento

Este programa tiene un alto consumo de procesador. Necesita ajustar algunos parámetros para adaptarlo a su hardware.

Estos son los parámetros que debería configurar. Recuerde que puede hacerlo seleccionando la opción Parámetros dentro del menú Mundo.

• OpenGL: El uso de las librerías OpenGL incrementa notablemente la velocidad del programa. Esta opción se encuentra desactivada por defecto porqué no funciona en todas las combinaciones de hardware y controladores. Debería intentar activarla y reiniciar el programa. Si se cuelga o no funciona, las OpenGL se desactivarán la siguiente vez que lo ejecute.

  • Desactivar fbobject: Debido a un error en algunos controladores gráficos, puede ser necesario activar esta opción para que funcionen las OpenGL. Si la primera vez que ha intentado activarlas no han funcionado, intente activarlas de nuevo con esta opción.

• Tiempo por imagen: Este parámetro controla la velocidad que intentará alcanzar el programa. Si está consumiendo mucho procesador debería aumentarlo, y en caso contrario, si quiere que el proceso se ejecute más rápidamente, debería bajarlo.

• Dióxido de carbono inicial: El CO2 es el factor limitante a la expansión de la vida. Más CO2 significa que más organismos poblarán el mundo, i que se necesitará más procesador para calcular sus movimientos y dibujarlos. Si cambia este parámetro, puede ser una buena idea cambiar el tamaño del mundo proporcionalmente para mantener la misma concentración de CO2.

Vea la sección parámetros para una explicación completa de todos los parámetros existentes.

Desinstalación

Biogénesis guarda los parámetros en su disco duro (en el registro de Windows o en un fichero oculto en Linux). El fichero uninstall.jar se puede usar para eliminar esta información del disco, si no quiere usar Biogénesis más.

También se puede usar si, por alguna razón, la aceleración hardware deja de funcionar y Biogénesis se cuelga al arrancar (por ejemplo, si cambia su tarjeta gráfica por otra que no esté soportada). Entonces, solo necesitaría desinstalar el programa y este volverá a arrancar sin aceleración hardware.

Opciones principales

El programa se controla de forma muy sencilla a través del menú y de la barra de herramientas que aparecen en la parte superior de la ventana de la aplicación y de menús contextuales. Las opciones de menú disponibles y su efecto se describen a continuación:

• Juego

  • Nuevo: este botón permite crear un mundo nuevo desde el principio. Se eliminarán todos los organismos que existan en este momento y se crearán otros nuevos.

  • Continuar/pausar: este botón permite hacer pausas en cualquier momento sin perder el progreso que se haya hecho y continuarlo de nuevo.

    Esta opción se puede activar en cualquier momento pulsando la tecla P.

  • Abrir: permite recuperar un mundo guardado anteriormente. En el diálogo que aparece, haga doble clic en el fichero que quiera recuperar.

  • Guardar y Guardar como: permiten guardar el mundo que se esté procesando en ese momento en un fichero, para poder seguir con su ejecución más adelante.

    Esta opción se puede activar en cualquier momento pulsando la tecla G.

  • Salir: abandona inmediatamente el programa, y se descartan todos los cambios del mundo que no hayan sido guardados.

• Mundo

  • Estadísticas: cuando se pulsa este botón se muestra la ventana de estadísticas, mediante la cual se puede obtener información general sobre el mundo, como por ejemplo, el tiempo que lleva activo o la población que contiene.

  • Laboratorio genético: muestra la ventana del laboratorio genético, a través de la cual se pueden crear nuevos seres con códigos genéticos nuevos o modificados.

  • Incrementar CO2: añade 500 unidades de CO2 a la atmósfera.

  • Decrementar CO2: reduce en 500 unidades el CO2 de la atmósfera, siempre que no haya menos.

  • Matar todos: mata a todos los organismos vivos.

  • Dispersar todos: recupera el dióxido de carbono presente en todos los cuerpos muertos y lo devuelve a la atmósfera.

  • Parámetros: presenta la ventana de configuración de parámetros, a través de la cual se pueden modificar distintos valores que afectan al desarrollo del mundo. En la sección parámetros se explica el significado de cada uno de estos números.

• Red

  A partir de la versión 0.5, es posible conectar distintos ecosistemas juntos a través de una red. Para hacerlo se necesita un puerto abierto libre y necesita saber la dirección IP del ordenador con el que quiere conectar.

  • Configurar red:

    Esta opción muestra un diálogo que puede usarse para configurar la red.

    Active Permitir conexiones de otros usuarios si quiere dejar pasar las peticiones de conexión de otros usuarios de Biogénesis.

    Asigne el número máximo de conexiones permitidas y el puerto local para recibir conexiones. Recuerde que este puerto debe estar abierto.

  • Administrar conexiones:

    Use este diálogo cuando quiera establecer una nueva conexión hacia otra instancia de Biogénesis o cuando quiera cerrar una conexión existente.

    Escriba la dirección IP y el puerto hacia la otra instancia del programa y haga clic en Nueva conexión para empezar la conexión.

    El otro programa debe tener su opción Permitir conexiones de otros usuarios activada para poder establecer la conexión.

    Aparecerán un par de rectángulos en posiciones aleatorias del mundo, una rojo y otro azul. Los organismos que entren en el rectángulo azul caerán hacia el otro lado de la conexión. Los organismos que vengan de la otra instancia aparecerán dentro del rectángulo rojo.

    Si en cualquier momento la conexión se cierra o se pierde, los rectángulos desaparecerán.

    Si quiere cerrar una conexión existente haga clic en el botón Desconectar correspondiente, al lado de la información de la conexión.

    A través de la red solo se mandas los códigos genéticos. La cantidad de O2 y CO2 permanece constante en su mundo.

• Ayuda

  • Manual del usuario: abre el navegador web y se conecta a la página web de Biogénesis, al apartado del manual del usuario.

  • Comprueba la última versión: se conecta a la web de Biogénesis para comprobar la última versión publicada y la muestra junto con la versión que está utilizando.

  • Acerca de Biogénesis: muestra la versión del programa.

El mundo

La parte central de la ventana es la zona que representa el mundo, donde los organismos nacen, se reproducen, y mueren. El funcionamiento del mundo es autónomo pero el usuario puede intervenir en lo esté pasando a partir de los menús contextuales que se invocan pulsando con el botón derecho del ratón sobre cualquier elemento del mundo. Además, se puede examinar con más detalle cualquiera de los organismos que hay, simplemente pulsando encima. En este caso, se mostrará la ventana de estado del organismo seleccionado, que quedará señalado mediante un rectángulo naranja.

El mundo puede ser mucho más grande que la ventana de la aplicación. Las barras laterales permiten moverse por toda la extensión del mundo.

El mundo se considera fluido, de forma que los organismos se pueden mover gracias a sus segmentos cian (azul claro), que actúan como cilios. Un coeficiente de rozamiento que se aplica sobre la velocidad de los organismos en cada instante asegura que se detengan.

En la parte inferior de la ventana se muestran unas estadísticas básicas del estado del mundo: el tiempo desde que empezó, la población que hay y la cantidad de oxígeno y de dióxido de carbono. Puede obtener más información sobre estos valores en el apartado de la ventana de estadísticas.

Interaccionar con el mundo

Es posible hacer muchas acciones directamente sobre el mundo de juego y cambiar lo que esté sucediendo. Todas estas acciones se pueden realizar pulsando con el botón derecho encima de los elementos del mundo: seres vivos, seres muertos o espacio vacío. En cada uno de estos casos, se mostrará un conjunto de opciones distinto:

• Acciones sobre seres vivos:

  • Seguir/Dejar de seguir: hace que la ventana de la aplicación se centre en el organismo seleccionado y que lo siga. Para dejar de seguir un ser se puede seleccionar la opción Dejar de seguir o seguir a otro. Cuando un ser muere, se deja de seguir automáticamente.

  • Alimentar: asigna 10 puntos de energía extra a este ser. Se consuma la cantidad equivalente de carbono de la atmósfera.

  • Debilitar: se sustraen 10 puntos de energía a este ser y se libera la misma cantidad de carbono a la atmósfera, en forma de dióxido de carbono.

  • Forzar reproducción: fuerza la reproducción del organismo, aunque no tenga la energía necesaria para hacerlo.

  • Rejuvenecer: se vuele el contador de edad del ser a 0, como si se hubiese acabado de crear.

  • Matar: mata inmediatamente el organismo, dejando su cuerpo inerte en el mundo.

  • Copiar: guarda una copia del código genético del ser que se puede clonar posteriormente con la opción pegar en un espacio del mundo desocupado.

  • Exportar: permite guardar el código genético del ser en un fichero. Este fichero se puede recuperar en el mismo u otro mundo con la opción importar en un espacio del mundo desocupado. El formato del fichero sigue el estándar y se puede modificar con cualquier editor de texto.

  • Guardar una imagen: permite guardar una imagen del ser en formato JPG.

• Acciones sobre seres muertos:

  • Revivir: vuelve a la vida el ser, con la energía que el cuerpo tuviera en ese momento.

  • Dispersar: devuelve todo el carbono del ser a la atmósfera de forma inmediata. El cuerpo desaparece.

• Acciones sobre el espacio libre:

  • Pegar: crea un nuevo ser con el código genético seleccionado anteriormente con la opción copiar.

  • Crear aleatoriamente: genera un ser nuevo, con un código genético creado aleatoriamente.

  • Importar: crea un ser nuevo con el código genético recuperado de un fichero que se haya guardado antes con la opción exportar.

Ventana de estadísticas

La ventana de estadísticas muestra información general sobre el proceso que se está ejecutando. Esta ventana se puede visualizar a través del botón de estadísticas de la ventana principal y contiene la siguiente información:

• Estado actual: esta sección muestra información sobre el estado actual del mundo.

  • Tiempo: es el tiempo transcurrido desde que los primeros organismos empezaron a poblar el mundo. Como no todos los ordenadores pueden ejecutar el programa a la misma velocidad, este tiempo no se representa en horas y minutos sino en una unidad que permite comparar los tiempos de distintos mundos, sea cual sea el ordenador que los ejecute. Una unidad de este tiempo equivale a 256 imágenes.

  • Población actual: es la cantidad de organismos vivos que hay en ese momento.

  • Restos de seres: es el número de seres muertos (marrones) en ese momento. Algunos organismos pueden alimentarse de la materia orgánica de estos cuerpos.

  • Oxígeno: es la cantidad de esta sustancia que hay dispersa en la atmósfera. El oxígeno se produce como producto derivado de la fotosíntesis de los organismos que tengan segmentos de color verde y lo utilizan todos los organismos en el proceso de respiración.

  • Dióxido de carbono: es la cantidad de esta sustancia que hay dispersa en la atmósfera. El dióxido de carbono es la principal fuente de carbono de los organismos y es un factor clave en cualquier metabolismo. Se produce como resultado de la respiración y se consume durante la fotosíntesis.

  • Proporción de colores: es una representación gráfica de la proporción de colores presente en los segmentos de los seres vivos.

• Organismos notables: esta sección muestra los organismos que han alcanzado un récord en el mundo actual, bien sea por ser el que más hijos ha tenido, el que ha matado a más organismos o el que ha infectado a más organismos.

• Población: esta sección muestro información demográfica.

  • Gráfico de población: el gráfico muestra la población y el número de nacimientos y muertes que han sucedido en las últimas 100 unidades de tiempo.

  • Población media: la población media en el mundo.

  • Natalidad media: la media de nacimientos por unidad de tiempo.

  • Mortalidad media: la media de defunciones por unidad de tiempo.

  • Tasa de infecciones media: la media de infecciones por unidad de tiempo.

  • Organismos creados: es la cantidad de organismos que se han creando desde que la vida comenzó en este mundo.

  • Población máxima: muestra la población máxima alcanzada y el momento en que se alcanzó.

  • Población mínima: muestra la población mínima y el momento en que se alcanzó.

  • Extinciones masivas: el número de extinciones masivas que han ocurrido desde que el mundo comenzó. Se considera que ocurre una extinción masiva cuando la cantidad de defunciones por unidad de tiempo es mayor que la media de defunciones durante un cierto periodo de tiempo.

• Atmósfera: esta sección muestra información sobre la composición atmosférica.

  • Gráfico de atmósfera: este gráfico muestra la cantidad de oxígeno y dióxido de carbono presentes en la atmósfera en las últimas 100 unidades de tiempo.

  • Dióxido de carbono máximo: la cantidad máxima de dióxido de carbono alcanzada y el momento cuando se alcanzó.

  • Dióxido de carbono mínimo: la cantidad mínima de dióxido de carbono alcanzada y el momento cuando se alcanzó.

  • Oxígeno máximo: la cantidad máxima de oxígeno alcanzada y el momento cuando se alcanzó.

  • Oxígeno mínimo: la cantidad mínima de oxígeno alcanzada y el momento cuando se alcanzó.

Panel de estado

El panel de estado muestra información sobre el organismo que se ha seleccionado con el ratón y que se muestra en el mundo rodeado de un rectángulo naranja. La información que se muestra es la siguiente:

• Identificador: Es un número que identifica el organismo de forma única en el mundo.

• Generación: es la cantidad de generaciones que han transcurrido en su línea evolutiva desde que el mundo empezó, contando la propia.

• Edad: es el tiempo que lleva el organismo en el mundo y se mide la misma forma que el tiempo del mundo. Los organismos tienen un tiempo de vida máximo, y mueren si lo sobrepasan.

• Energía: es la cantidad de energía que tiene el organismo. La energía se puede obtener de distintas fuentes, dependiendo del color de los segmentos del organismo y se consume para poder mantener el ser con vida y durante la reproducción. Cada segmento tiene un consumo constante de energía que solo depende de su longitud.

• Hijos: es la cantidad de descendientes directos que ha producido este organismo, independientemente de que sigan con vida o no. La cantidad de hijos que puede producir un organismo antes de su muerte es una medida sencilla de su éxito biológico.

• Víctimas: es el número de organismos que este organismo ha matado.

• Infectados: es el número de organismos que han sido infectados por este organismo.

• Masa: es la masa total del organismo.

• Reproducción: la energía que necesita este organismo para poder reproducirse.

El botón examinar genes que aparece a continuación de esta información permite abrir el laboratorio genético para examinar con detalle el código genético del ser seleccionado.

Ventana de configuración de los parámetros

En esta ventana se pueden modificar todos los parámetros que afectan a la ejecución de la aplicación. El botón Aceptar guarda las preferencias, que se usarán a partir de ahora cada vez que el usuario ejecute el programa. El botón Cancelar cancela todos los cambios que se hayan hecho. El botón Valores por defecto permite asignar los valores originales que se vienen configurados con esta versión del programa.

Como hay cambios importantes en esta versión del programa, los parámetros asignados a versiones anteriores no se mantendrán.

Todos los cambios, excepto el tamaño del mundo, tienen efecto inmediato. Sin embargo, el tamaño del mundo solo se aplicará cuando se creen mundos nuevos.

Cualquier parámetro al que se le asigne un valor inválido mantendrá el valor que tuviese hasta entonces.

El laboratorio genético

Desde el laboratorio genético se puede modificar el código genético de los organismos o crear otros nuevos. Cuando se abre, la ventana muestra el último código genético que se haya copiado en el portapapeles, o un código genético en blanco si no se ha copiado ninguno.

La información que se muestra en esta ventana es la siguiente:

• Simetría: indica cuantas veces se repetirá el patrón de segmentos. Un organismo con simetría 4 tendrá todos los segmentos repetidos 4 veces y distribuidos de forma simétrica alrededor de un punto central. Los siguientes organismos tienen un código genético muy similar, pero el primero presenta una simetría de 4 y el segundo de 8. Como consecuencia de esto el primer organismo tendrá la mitad de segmentos que el segundo.

Simetría 4	Simetría

• Espejo: indica si el organismo tiene simetría respecto a una recta que pasa por el centro o no. A continuación se muestran dos organismos que tienen exactamente el mismo código genético, con la excepción que el primero tiene espejo y el segundo no:

Con espejo	Sin espejo

• Dispersa a los hijos: indica si se dotará a los descendientes de este organismos de una velocidad y dirección diferentes a las suyas, para dispersar-los por el medio, o bien tendrán su misma velocidad y dirección, lo cual les mantendrá más unidos.

• Energía para reproducirse: es la energía que necesita el organismo para reproducirse. Un organismo necesita 40 puntos de energía más 3 puntos por cada gen de su código: los organismos más complejos necesitan más energía para reproducirse que los más sencillos.

• Tiempo de vida: es el tiempo que tarda el organismo en morir de forma natural. Cuando el organismo sobrepasa esta edad, muere y su cuerpo permanece en el mundo dispersándose lentamente en el ambiente. Todos los organismos tienen el mismo tiempo de vida.

A continuación se muestra una lista con todos los segmentos del organismo. Para cada segmento se muestran sus coordenadas, que indican su dirección y longitud, y su color.

Utilizando los distintos controles que aparecen, puede cambiar las características del código (simetría, espejo y dispersión de los hijos) y, con los botones que hay en la parte central, puede añadir, borrar o modificar los distintos segmentos que forman el código genético.

En la parte derecha de la ventana se muestra en todo momento qué aspecto tendrá un organismo con el código genético que esté modificando.

En la parte inferior, el botón Copiar al portapapeles permite guardar el código genético creado. Puede crear nuevos seres con este código genético con la opción Pegar en la ventana del mundo.

El botón Cancelar cierra el laboratorio sin guardar los cambios que haya hecho, y el botón Limpiar borra todos los segmentos y le permite crear un nuevo código genético desde el principio.

El botón Importar permite cargar un organismo que se haya guardado en un fichero al laboratori, para editarlo o copiarlo al portapapeles.

El metabolismo es el conjunto de procesos químicos que realiza un organismo y tiene como objetivo principal la obtención de energía a partir de las materias que hay disponibles en el ambiente.

Todos los organismos necesitan energía para subsistir y reproducirse. La energía se puede obtener del Sol realizando la fotosíntesis o a partir del procesado de materia orgánica. Para poder almacenar la energía que no se necesita inmediatamente, los organismos sintetizan azúcares, para lo cual necesitan carbono. El carbono puede obtenerse mediante la descomposición del dióxido de carbono que hay esparcido en la atmósfera, o mediante el procesado de materia orgánica. La energía almacenada de esta forma se llama energía química y, para consumirla, los azúcares deben descomponerse de nuevo. En el proceso llamado respiración, se absorbe oxígeno del ambiente y se utiliza para hacer reaccionar a los azúcares y descomponerlos, obteniendo energía efectiva y liberando el dióxido de carbono resultante de nuevo a la atmósfera.

Aunque existen muchos metabolismos distintos en la naturaleza, en esta versión del programa solo se consideran dos:

• El metabolismo fotosintético: lo realizan aquellos organismos que tienen segmentos verdes. Obtienen energía del Sol (fotosintéticos), el carbono de la atmósfera (autótrofos) y el poder reductor a partir de compuestos inorgánicos (litótrofos).

• El metabolismo quimioorganotrofo: lo realizan aquellos organismos que tienen segmentos rojos. Obtienen energía, carbono y poder reductor de materia orgánica que hayan sintetizado previamente otros organismos.

La energía es necesaria por varias razones:

• Cada segmento tiene un consumo de energía constante que solo depende de su longitud.

• La energía se puede perder al entrar en contacto con segmentos determinados de otros organismos.

• La energía que un organismo tiene en el momento de la reproducción se reparte entre él y sus descendientes.

La muerte de un organismo puede tener lugar debido a distintas circunstancias:

• El organismo no puede llevar a cabo el proceso de respiración, bien porqué no tiene suficiente energía química almacenada, o bien porqué no hay suficiente oxígeno en el ambiente.

• El organismo ha excedido su tiempo de vida. El metabolismo del organismo falla y este muere.

• El organismo entra en contacto con sustancias que le son nocivas, como los segmentos rojos o grises de otros organismos.

Cuando un organismo muere pero todavía conserva energía, su cuerpo permanece en el mundo y se muestra en marrón. Los otros organismos pueden absorber su energía antes de que el cuerpo se disuelva lentamente en el ambiente.

Un organismo solo puede acumular el doble de la energía que necesita para procrear, y esto solo puede suceder si sus intentos de reproducción han fallado porqué no hay suficiente espacio a su alrededor. Si un organismo tiene espacio para reproducirse y suficiente energía, siempre lo hará.

La reproducción de los organismos es siempre asexual, de forma que los descendientes de un organismo tendrán exactamente el mismo código genético, con la excepción de las mutaciones que puedan producirse.

Fotosíntesis

La energía solar se absorbe en un proceso llamado fotosíntesis que requiere la presencia de dióxido de carbono en el ambiente. El dióxido de carbono se transforma con la ayuda de la energía solar en compuestos químicos más complejos que almacenan esta energía en forma química. Como subproducto de la fotosíntesis se libera oxígeno en el ambiente. Cuando la energía química almacena se necesita, los compuestos químicos anteriores se descomponen de nuevo, lo cual libera la energía que permanecía almacenada. La energía solar es el origen primero de la energía de todos los organismos. La cantidad de dióxido de carbono presente en la atmósfera es el factor limitante al crecimiento del número de organismos.

Los segmentos verdes son los que dan la habilidad a un organismo de llevar a cabo la fotosíntesis. La cantidad de energía que puede obtener es proporcional a la longitud de los segmentos fotosintéticos.

Materia orgánica

La energía obtenida a través de la materia orgánica es elevada, pero solo se puede obtener cuando se entra en contacto con otros seres. En lugar de obtener el carbono necesario para vivir de la atmósfera, los seres que viven de la materia orgánica absorben el carbono de otros organismos cuando los tocan. Se puede obtener carbono tanto de los organismos vivos como de los muertos, aunque en general los muertos son mejores víctimas, porqué no pueden defenderse ni huir.

El procesado de materia orgánica nunca genera más energía de la que existía antes, sino que solo causa una transferencia de energía desde el organismo depredado al depredador. Además, el procesado de materia orgánica no tiene una efectividad absoluta: una parte de la energía extraída no se transforma directamente en energía para el depredador, sino que se libera de nuevo a la atmósfera en forma de dióxido de carbono.

Los segmentos rojos puedes absorber energía de otros seres y siempre lo hacen de forma proporcional a sus longitudes; los segmentos azules son invulnerables a los efectos de los segmentos rojos.

Respiración

Los organismos llevan a cabo el proceso de la respiración para convertir la energía química almacenada en la energía efectiva que necesitan a cada momento. A través de la respiración, el oxígeno ambiental se consume y se libera dióxido de carbono. Un organismo tiene que hacer este proceso continuamente para mantenerse vivo; si no puede hacerlo, bien porqué le falta energía química, o bien porqué le falta oxígeno, el organismo muere.

Puede ver una explicación del funcionamiento del código genético en la sección el laboratorio genético.

Segmentos

Todos los organismos tienen un número de segmentos que va del 4 al 64. El color y el efecto de los segmentos son los siguientes:

• Verde: obtienen energía del Sol y del dióxido de carbono y desprenden oxígeno. La cantidad de energía que se obtiene depende de la cantidad de dióxido de carbono que haya presente en el ambiente y de la longitud del segmento. La cantidad de oxígeno liberado es la misma que la de dióxido de carbono absorbido.

• Rojo: obtienen energía de la materia orgánica. Roban energía de otros organismos cuando se tocan. Una parte de la energía absorbida es liberada en forma de dióxido de carbono. Los segmentos rojos son efectivos contra cualquier otro segmento excepto los azules. La cantidad de energía absorbida es proporcional al tamaño del segmento. Cuando un segmento rojo se activa, el organismo se muestra momentáneamente de rojo y su víctima de amarillo.

• Azul: son invulnerables a los efectos de los segmentos rojos, blancos y grises. Cuando un segmento azul se activa, el organismo se muestra momentáneamente en azul.

• Cian: permiten al organismo moverse por los alrededores. Se activan aleatoriamente e impulsan al ser hacia la dirección a la que apuntan los segmentos a una velocidad proporcional a su longitud. El ambiente tiene un coeficiente de rozamiento que reduce la velocidad del ser progresivamente.

• Blanco: infectan los organismos que tocan. El primer descendiente del organismo infectado será un miembro de la especie que lo infectó en lugar de la suya propia. La inyección de genes en otro organismo tiene un coste energético y la infección solo sucede si el organismo infectante tiene al menos esta energía. Cada organismo puede infectarse una sola vez, de manera que si el mismo organismo es infectado por dos organismos distintos, solo el último tendrá efecto. Además, si un organismo infecta a otro dos veces consecutivas, la segunda vez no tiene ningún efecto y no se gasta la energía necesaria para la infección. Los segmentos blancos son efectivos contra todos los otros segmentos excepto contra los azules. Cuando un segmento blando se activa, el organismo se muestra momentáneamente en blanco y su víctima en amarillo.

• Gris: son nocivos. Cuando tocan a otro organismo, este muere. Cuando un segmento gris se activa el organismo se muestre momentáneamente en gris.

• Amarillo: aumentan la fertilidad. Los organismos producen un descendiente cada vez que se reproducen. Por cada segmento amarillo que tengan, producirán un descendiente más, hasta un máximo de 8. El número de descendientes producidos siempre está limitado por el espacio libre que haya alrededor del ser que se reproduce.

Mutaciones

Hay un porcentaje fijo de que haya una mutación para cada uno de los genes cada vez que un organismo produce un descendiente, que por defecto es del 5%.

Cuando se crea un nuevo organismo se genera un número aleatorio para cada gen y aquellos que resultan mutados son generados de nuevo aleatoriamente. También es posible que aumente o disminuya el número total de segmentos del individuo.

Hay algunos parámetros que definen distintos aspectos del funcionamiento del programa y que puede modificar a su gusto. Todos estos parámetros pueden modificarse en la ventana de configuración de los parámetros, a la cual puede acceder con la opción Parámetros del menú mundo.

Los aspectos que se pueden modificar son:

Nombre	Descripción	Valores permitidos	valor por defecto
General
Idioma	El idioma utilizado en todos los mensajes de la aplicación.	Español, catalán e inglés	Valor por defecto del sistema
Tiempo por imagen	Cantidad de milisegundos que pasan entre dos imágenes. Esta cantidad es básica para ajustar el rendimiento del programa a su ordenador.	A partir de 1	50
Aceleración por hardware	Si hay que usar OpenGL para acelerar la representación gráfica o no.	OpenGL o ninguna	Ninguna
Mundo
Anchura	Anchura del mundo en píxeles.	A partir de 1	1000
Altura	Altura del mundo en píxeles.	A partir de 1	1000
Oxígeno inicial	Cantidad de oxígeno que hay en la atmósfera de un mundo nuevo.	A partir de 0	0
Dióxido de carbono inicial	Cantidad de dióxido de carbono que hay en la atmósfera de un mundo nuevo.	A partir de 0	5000
Coeficiente de rozamiento	Determina la cantidad de movimiento que se mantiene en cada imagen. Si vale 1, los organismos nunca se paran. Si vale 0, el movimiento no se mantiene entre dos imágenes.	Entre 0 y 1	0,98
Coeficiente de elasticidad	Determina la cantidad de movimiento que se mantiene después de una colisión. Si vale 1, no se pierde energía en las colisiones. Si vale 0 los organismos se paran al colisionar.	Entre 0 y 1	0,8
Organismos
Número inicial	Número de organismos que se crean en un mundo nuevo.	A partir de 1	15
Energía inicial	Puntos de energía que tienen los organismos que se crean al principio del mundo.	A partir de 1	50
Tiempo de vida	Tiempo máximo de vida de los organismos.	A partir de 1	30
Coeficiente de mutación	Probabilidad de que se produzca una mutación cuando se crea un descendiente, para cada una de sus características.	Entre 0 y 1	0,05 (5%)
Divisor al coste de mantenimiento de los segmentos	Número que divide la longitud de los segmentos para establecer la cantidad de energía que se consume por imagen.	A partir de 1	5000
Divisor al drenaje de sustancias	Número que divide la cantidad de dióxido de carbono presente en el ambiente para determinar cuánto pueden drenar los organismos en una sola imagen.	A partir de 1	5000
Energía perdida por los organismos muertos	Es la cantidad de energía que pierde un organismo muerto en cada imagen. Esta energía se desprende del cuerpo y pasa a la atmósfera en forma de CO2.	A partir de 0	0,1
Metabolismo fotosintético
Divisor de la energía obtenida	La longitud de los segmentos verdes se divide por este número para determinar la cantidad de energía solar que se puede obtener en una sola imagen.	A partir de 1	500
Metabolismo quimioorganotrófico
Energía obtenida	La longitud de los segmentos rojos se multiplica por este número para determinar la cantidad de energía que se roba a otro organismo cuando se le toca.	A partir de 0	0,5
Proporción de energía liberada	Proporción de la energía orgánica obtenida que se libera en forma de dióxido de carbono en lugar de pasar directamente a la energía del organismo.	Entre 0 y 1	0,1
Genes
Probabilidad	Para cada color de segmento, qué probabilidad hay de que este color aparezca cuando se produzca una mutación o cuando se crea un ser aleatorio. Las probabilidades se calculan sobre la suma de probabilidades de todos los colores (por ejemplo, si la suma de todas las probabilidades es 100 la probabilidad de cada segmento se está dando en tanto por ciento).	A partir de 0	30% para el verde, 20% para el cyan y 10% para el resto.
Coste	Para cada color de segmento, el coste en energía que supone utilizar un segmento de este color. Notar que los segmentos verdes se utilizan a cada imagen y que los cyan también se utilizan a menudo, por lo tanto, un pequeño coste en estos segmentos perjudica mucho a los organismos que tienen.	A partir de 0	1 para los segmentos blancos y grises y 0 para los demás

Este programa es software libre y se distribuye bajo los términos de la Licencia pública general de GNU. Vea los ficheros copyright y gpl.txt para más información.

Quiero dar las gracias a las personas que han contribuido en este proyecto, como Álvaro Esteban y Iván García por involucrarse en el desarrollo y testeo de Biogénesis, Eva Rebollo por su consejo en temas de biología, Ananda Daydream y Florian Haag por sus gráficos y a Laura Feliu por su revisión de algunas traducciones al inglés.

Este programa está basado en el programa Primordial Life de Jason Spofford. Quiero agradecer especialmente que me haya dado permiso para estudiar el código fuente de su programa.

Puede descargar el ejecutable y el código fuente de Biogénesis de http://biogenesis.sourceforge.net. Por favor, informe de cualquier error que encuentre en los foros de Biogénesis, o envíe un correo a joanq.biogenesis en gmail.com.